Gemeinsam mit der Hofsilberkammer kann man die Kaiserappartements und das Sisi-Museum besichtigen. Die kaiserlichen Gemächer befinden sich im Reichskanzleitrakt und der Amalienburg der Hofburg. Gemeint sind damit die Räume, die von Franz Joseph I. und seiner Ehefrau Sisi bewohnt wurden.
Die kaiserlichen Wohnräume bestanden aus Vorraum, Speisesaal für Stabsoffiziere, Cerclezimmer, Rauchsalon, Trabantenstube, großem Audienzsaal, Audienzzimmer des Kaisers, Konferenzzimmer, Arbeitszimmer, Schlafzimmer, großem und kleinem Salon, die von Sisi aus Wohn- und Schlafzimmer, Toilette- und Turnzimmer, Großem und Kleinem Salon. Sisi konnte ihre Gemächer auch direkt über die heute abgemauerte Adlerstiege betreten (und sich auch – wie berichtet – über eine Kellergangverbindung zum Demel begeben)
Das Museum wird von der Schloß Schönbrunn Kultur- und Betriebsges.m.b.H geführt, und erfuhr im Jahr 2009 eine Renovierung und teilweise Neugestaltung.
