Die Virgilkapelle, die eigentlich nie eine war, liegt 12 m unter dem Stephansplatzniveau im 1. Bezirk und ist heute von der U-Bahnstation Stephansplatz aus begehbar. Sie stammt aus dem frühen 13. Jahrhundert und wurde vermutlich als Krypta für den heiligen Koloman errichtet, weil der Babenberger-Herzog Friedrich gerne Wien als Bistum gesehen hätte. Das dürfte aber nicht ganz funktioniert haben, denn sowohl der Heilige kam nie nach Wien als auch das Projekt Wien als Bistum scheiterte zum damaligen Zeitpunkt. Also wurde der Bau an die Familie Chrannest 1307 verkauft, die ihre eigene Gruft darin planten. Die Virgilkapelle ragte damals 1 m über das Niveau des den Dom umgebenden Friedhofs, Licht kam durch seitliche Fenster in den Bau.
Oberhalb der Virgilkapelle wurde eine Einsegungskapelle gebaut, die für Einsegnungen und Totenmessen verwendet wurde. Durch einen Schacht kam man in die Virgilkapelle.
1732 wurde der Friedhof um den Dom aufgelassen, die Magdalenenkapelle brannte 1781 ab und wurde mangels Bedarfs nicht wieder aufgebaut. Die Kapelle darunter wurde zugeschüttet und geriet in Vergessenheit.
1972 im Zuge der U-Bahnbauten wurde die Virgilkapelle wiederentdeckt. Durch Entfernen der Westwand kann sie nun von der U-Bahnstation erreicht werden. Das Wien-Museum kümmert sich um den Zutritt und betreut ein kleines Museum mit ein paar Funden aus der Ausgrabungsstelle.
Am Stephansplatz selbst sind die Grundrisse der Virgilkapelle mit weißen und der Magdalenenkapelle mit schwarzen Steinen nachgebildet.
