Das Wüstenhaus befindet sich im Sonnenuhrhaus in Schönbrunn in der Nähe des Palmenhauses und wurde 2004 als Wüstenhaus eröffnet (100 Jahre nachdem der Bau errichtet wurde, als neuestes der vier botanischen Häuser). Als die Scheiben des Palmenhauses 1945 zerstört waren, diente das jetzige Wüstenhaus als Zwischenaufbewahrungsort für viele Pflanzen des Palmenhauses. Und dann zwischen 1986 und 1990 bei der Renovierung des Palmenhauses wieder.
1990 wurde das erste Schmetterlingshaus in Österreich in dem Glashaus eingerichtet. Acht Jahre später übersiedelten die Schmetterlinge ins Gewächshaus im Burggarten.
1998 wurde das Glashaus wegen Mängel am Stahlbau geschlossen und dann bis 2003 renoviert. Heute ist das Wüstenhaus ein gemeinsames Projekt zwischen Zoo und Bundesgärten. Wüstenpflanzen und Wüstentiere können beobachtet werden.
