Die Schottenkirche und das Kloster befinden sich im 1. Bezirk, Freyung 6. 1155 berief Herzog Heinrich II. die schottischen Benediktinermönche nach Wien. Die Klosterkirche der Abtei ist die Schottenkirche, in der Herzog Heinrich, allgemein nur Jasomirgott genannt, begraben liegt. Den Beinamen erhielt er, weil er bei jeder Gelegenheit „Ja, so mir Gott helfe,“ sagte. Sein Denkmal ist an der Außenseite der Kirche angebracht.
Heinrich II. hatte auch an das leibliche Wohl der Mönche gedacht und ließ Speisen und Getränke aus der Hofküche liefern. Die Wiener waren neugierig und fragten die Speisenträger aus, was so gespeist wurde am Hofe. Ja, sie gingen sogar so weit, die Deckel von den Töpfen zu heben und selbst Nachschau zu halten. Aus der Zeit stammt auch das Wort „Häferlgucker“. Das war Jasomirgott zu viel und er ließ die Naturalabgabe durch eine regelmäßige Zahlung ersetzen, denn er wollte nicht, dass man allgemein erfährt, was er zu speisen bekommt. 1280 wurde die Geldabfindung von Rudolf I. aufgehoben.
Das Kloster wurde noch außerhalb der damaligen Stadtmauer gebaut. Die Kirche wurde im Jahre 1200 eingeweiht. Die Mönche errichteten auch ein Hospiz für Pilger und Kreuzritter, die auf dem Weg nach Jerusalem waren.
1715 wurde das erste Gymnasium gegründet, 1741 wieder aufgelöst. 1807 wurde durch ein kaiserliches Dekret erneut die Gründung des Schottengymnasiums vorgenommen. 1826-32 wurden von Joseph Kornhäusel die Schottenhöfe umgestaltet und das Konventgebäude neu errichtet.
Heute ist dem Schottenstift auch ein Museum inne, mit dem Schwerpunkt auf einer Gemäldesammlung.
