Die dreigeschossige Hofburgkapelle wurde 1287-88 errichtet und ist die älteste und auch Hauptkapelle der Hofburg. Der hölzerne Dachstuhl stammt von 1421.
1447-49 ließ Friedrich III. die Kapelle im gotischen Stil umbauen, Maria Theresia zeichnet für den spätbarocken Umbau zuständig.
Maximilian I. gründete hier die Hofmusikkapelle, deren Tradition von den Wiener Philharmonikern und den Wiener Sängerknaben fortgeführt wird.
Bis 1918 diente die Hofkapelle als Pfarrkirche, wurde danach in ein Rektorat umgewandelt.