Die Ruprechtskirche ist angeblich die älteste Kirche von Wien, irgendwann zwischen 805 und 828 erbaut. Am Rippengewölbe befand sich eine Inschrift, die heute übermalt ist, die die Kirche auf 740 datierte. Es gibt aber keinen Beleg dafür. Ursprünglich war sie Missionarskirche, nachdem Wien lange Zeit unter heidnischem Einfluß von Awaren und Slawen war, ehe es unter die Kontrolle des Frankenreichs kam.
Jedenfalls war sie um 1137 Sitz des bischöflich-passauerschen Wiener Pfarrers, dem die Wiener Gotteshäuser unterstanden. Herzog Heinrich Jasomirgott II. hat irgendwann zwischen 1155 und 1177 die Ruprechtskirche, Peterskirche und Maria am Gestade dem Schottenstift geschenkt.
1276 kam es zu einem verheerenden Brand am Kienmarkt und Hohen Markt. Dabei wurde auch die Kirche arg in Mitleidenschaft gezogen. Im 13. Jahrhundert wurde der Chor errichtet. 1439 ließ Friedrich V. seine Devise AEIOU in der Kirche an der Orgelempore anbringen. Diese Vokale werden zweierlei gedeutet: „Alles Erdreich ist Österreichs Untertan“, bekommen wir in der Schule eingetrichtert. Ich glaube aber eher an: „Austria erit in orbe ultima.“ (Österreich wird ewig bestehen.)
Im Laufe der Jahrhunderte wurde die Kirche noch oftmals renoviert, umgebaut und wechselte auch die Besitzer. Immer wieder waren es die Salzamtmänner die im Nebenhaus verwalteten, die für die Kirchenrenovierung zuständig waren. Die Salzschiffer hatten eben ein besonderes Naheverhältnis zu ihrem Heiligen und Schutzpatron Ruprecht.
Im Mittelfenster der Apsis der einfachen, romanischen Kirche, befinden sich die ältesten Glasmalereien Wiens: „Thronende Maria“, „Kreuzigung“. Die anderen Fenster sind bedeutend jünger.
