Die gotische Kirche erhielt ihren Namen, weil sie am Ufer eines Donauarms stand. Gemeinsam mit der Ruprechtskirche und der Peterskirche zählt sie zu den ältesten von Wien. Bereits im 9. Jahrhundert stand dort eine Kapelle. Urkundlich erwähnt wurde sie erstmals um 1200.
Nach verschiedenen nicht immer ganz klaren Besitzverhältnissen fiel sie an die Bischöfe von Passau. Mit dem Bau in der heutigen Form wurde parallel zum Stephansdom, um 1400, begonnen. Die Kirche war weithin sichtbar mit ihrem als gotisches Rankenwerk ausgeführtem, durchbrochenem Turmhelm. Schon in den ältesten Stadtansichten war sie abgebildet. Die Kirche war insbesondere den Fischern und Schiffern gewidmet.
Im Laufe der Zeit verfiel die Kirche immer mehr. Im 18.Jahrhundert wurde sie schon als Magazin und Pferdestall genutzt.
1812 übernahm der Redemptoristenorden die Kirche und begann sie neu zu widmen. Auch Clemens Maria Hofbauer wurde -wie bereits berichtet- hier bestattet.
1930 wurde sie in ihrer jetzigen Form renoviert.
