Heute versteht man unter den Katakomben ein weitläufiges unterirdisches Grabkammernfeld unter dem Ostteil des Stephansdomes und dem danebenliegenden Stephansplatzes. Es stehen dort 16 Särge von Mitgliedern des Hauses Österreich. Seit 1633 werden in den Katakomben nur die Eingeweide in Behältern aufbewahrt, die Körper in der Kapuzinergruft, die Herzen in der Herzerlgruft – sicher ist sicher.
1363 wurden die fürstlichen Grabkammern durch Rudolf IV. veranlasst, die unter Maria Theresia stark erweitert wurden.
1732 wurde der Friedhof rund um St. Stephan stillgelegt, 1745 wurden neue Grüfte am Stephansplatz eingerichtet. Bis 1783 wurden hier mehr als 10.000 Tote bestattet. 1783 unter Joseph II. wurde die Bestattung um St. Stephan wieder untersagt.
Des Weiteren befinden sich unter dem Dom neben der Herzogsgruft und den allgemeinen Karner-artigen Gewölben mit den Gebeinen der bestatteten Bevölkerung noch die Bischofsgruft, in der unter anderem Kardinal Franz König liegt und die Domherrengruft für die Mitglieder des Domkapitels.
